Toen in het begin van de jaren ’90 de categoriale gymnasia opgeheven dreigden te worden, is in 1993 op initiatief van de docent klassieke talen Wim van Lakwijk (1933-1997) de Stichting Vrienden van het Barlaeus Gymnasium opgericht. Het doel hiervan was het streven naar het behoud van de zelfstandige gymnasia in Nederland en van het Barlaeus Gymnasium in het bijzonder. Wonderwel draaide al snel niet alleen de politieke wind, ook de maatschappelijke waardering voor het gymnasium keerde terug. De toeloop -wellicht ook door het karakter van een tamelijk kleine school- naar het gymnasium steeg enorm. Gevolg was dat er voor de categoriale gymnasia een bloeiperiode ontstond, die niet van één dag lijkt te zijn. In feite was daarmee het doel van de Stichting bereikt. Mocht er opnieuw een dreigende situatie ontstaan dan kan er altijd weer steun geboden worden aan de school, omdat de Stichting een rechtspersoon is. Aanvankelijk werd vooral gehoor gevonden bij ouders, maar ook oud-leerlingen steunen de Sichting, zo blijkt uit het donateursbestand.