In de onderbouw worden de boeken van KERN gebruikt. Dit is een nieuwe methode die erg goed aansluit bij het gymnasiale onderwijs. In de hogere klassen wordt nog gewerkt met de getal-en-ruimte boeken die ook op veel andere scholen worden gebruikt. Mogelijk stappen we ook op de bovenbouw de komende jaren over op KERN.
Het Barlaeus neemt deel aan verschillende wiskundewedstrijden: de kangoeroewedstrijd, de wiskundeolympiade en het wiskundetoernooi in Nijmegen. In de lessen neemt de voorbereiding op deze wedstrijden een plaats in en deelname wordt gestimuleerd. Er zijn zogenaamde BBteams (Barlaeus Brains, BolleBozen of Barlaeus Beta?): teams van ongeveer tien leerlingen uit twee jaarlagen die onder schooltijd extra wiskunde aangeboden krijgen en voorbereid worden op de wiskundewedstrijden. Een aantal keren waren de (landelijke) winnaars afkomstig van onze school.
Naast de regulier aangeboden stof is er soms ruimte voor extra projecten. Zo werd het Barlaeus scholenkampioen met een klassikaal veelvlakkenproject (het resultaat is nog steeds te bewonderen in lokaal 0.3) en wonnen we de wiskundescholenprijs met een project ‘raadselachtige algebra’. In een ander wiskundelokaal kan je de vijf Platonische Veelvlakken bewonderen. Beiden lokalen kan je op de begane grond links en rechts van de oude hoofdingang vinden en door de ramen zie je de beelden van buitenaf hangen.